Interpelacja w sprawie momentu korekty naliczonego podatku VAT na podstawie faktur korygujących wystawianych poza KSeF

Po wejściu w życie zmian art. 86 ust. 19a ustawy o podatku od towarów i usług obowiązujących od 1 lutego 2026 r. pojawiły się wątpliwości dotyczące momentu, w którym nabywca towaru lub usługi powinien dokonać obniżenia podatku naliczonego w przypadku otrzymania faktury korygującej wystawionej poza Krajowym Systemem e-Faktur.

Problem dotyczy sytuacji, w której pierwotna faktura została wystawiona jako faktura ustrukturyzowana w KSeF, natomiast faktura korygująca zmniejszająca podstawę opodatkowania i podatek należny została wystawiona poza systemem, przykładowo w formie papierowej lub elektronicznej bez numeru KSeF i bez kodu QR, z uwagi na trudności techniczne lub inne przeszkody uniemożliwiające jej wystawienie w systemie.

Zgodnie z aktualnym brzmieniem art. 86 ust. 19a ustawy o VAT nabywca jest obowiązany do zmniejszenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym otrzymał fakturę korygującą. Przepis ten nie uzależnia jednak powstania obowiązku dokonania korekty od tego, czy faktura korygująca została wystawiona w KSeF ani od momentu jej wprowadzenia do systemu.

Jednocześnie przepisy odnoszące się do obowiązków sprzedawcy, w szczególności regulacje art. 29a ust. 13–13c ustawy o VAT, wprost odwołują się do skutków związanych z funkcjonowaniem faktur ustrukturyzowanych w KSeF. Powoduje to wątpliwości interpretacyjne co do tego, czy po stronie nabywcy samo otrzymanie faktury korygującej spełniającej wymogi formalne określone w art. 106j ust. 2 ustawy o VAT jest wystarczające do dokonania korekty podatku naliczonego, czy też konieczne jest uprzednie lub późniejsze zarejestrowanie dokumentu w KSeF.

W obowiązującym stanie prawnym brak jest jednoznacznego przepisu wskazującego, że skuteczność faktury korygującej dla celów obniżenia podatku naliczonego przez nabywcę uzależniona jest od nadania jej postaci ustrukturyzowanej. Jednocześnie faktury wystawione poza KSeF, jeżeli zawierają wszystkie elementy wymagane przepisami ustawy o VAT i dokumentują rzeczywisty przebieg zdarzenia gospodarczego, wywołują skutki podatkowe także w innych obszarach rozliczeń VAT.

W praktyce powstaje więc problem dotyczący jednolitego stosowania przepisów przez organy podatkowe oraz bezpieczeństwa rozliczeń podatników, którzy otrzymują faktury korygujące wystawiane poza KSeF i są zobowiązani do ustalenia prawidłowego momentu dokonania korekty podatku naliczonego.

W świetle powyższego proszę o udzielenie odpowiedzi na poniższe pytania: